目前制備菌粉的主要方法是噴霧干燥法（噴霧干燥機）和真空冷凍干燥法（凍干機）。其中噴霧干燥技術單位產品耗熱量大，設備的熱效率低，并且進風溫度和出口溫度高，導致菌體存活率低。若降低溫度，則容易出潮粉；同時對菌粉的分離裝置要求較高，容易使產品損失和污染，但噴霧干燥的處理量大，成本低。

與噴霧干燥法相比，凍干機制備的微生物菌粉，具有明顯的優勢：菌種在低溫下干燥，各種成分和酶的活性損失較少；通過凍干機制備的菌粉具有色澤、形態優異，脫水*，復水性好，易于保藏和運輸等特點。